Sau thời kỳ phát triển đỉnh cao trong nền kinh tế kế hoạch hóa, bao cấp; bước vào thời kỳ đổi mới (từ năm 1986),  Khu vực kinh tế tập thể mà nòng cốt là các HTX với quy mô và phương thức hoạt động kiểu cũ đã bộc lộ những yếu kém, không thích nghi được với các nguyên tắc, quy luật phát triển của kinh tế thị trường, trong đó kinh tế hộ, kinh tế cá thể được pháp luật thừa nhận là chủ thể, vai trò của các HTX bị giảm sút mạnh, xã viên không còn tha thiết, gắn bó với HTX. Khu vực kinh tế tập thể của thành phố Hải Phòng thời kỳ này cũng nằm trong tình trạng khó khăn trên; hàng loạt các HTX giải thể, ngừng hoạt động.

Thời kỳ đó, tổ chức đại diện của các HTX là các Liên hiệp HTX (nói chung), Liên hiệp HTX tiểu thủ công nghiệp (tại Hải Phòng nói riêng) cũng không còn phù hợp và phải giải thể theo tinh thần Nghị quyết số 16-NQ/TW ngày 15/7/1988 của Bộ chính trị, điều đó càng đẩy các HTX vào tình trạng mất phương hướng, không có sự quản lý của các cơ quan nhà nước.  Khi đó, Liên hiệp xã tiểu thủ công nghiệp thành phố Hải Phòng chỉ còn nhiệm vụ phối hợp với các sở, ngành của thành phố chỉ đạo việc giải thể các Liên hiệp xã ở các địa phương cũng như giải quyết các vấn đề phát sinh sau giải thể; tổ chức bộ máy  của Liên hiệp xã thành phố từ hơn 50 người thì chỉ còn 10 cán bộ.

Trước tình hình khó khăn trên, các đồng chí lãnh đạo Liên hiệp xã tiểu thủ công nghiệp thành phố đã tích cực, chủ động tham mưu cho Thành ủy, Ủy ban nhân dân thành phố thành lập một tổ chức đại diện cho các HTX. Qua đó, Ủy ban nhân dân thành phố Hải Phòng đã ban hành Quyết định số 715/QĐ-TCCQ ngày 31/7/1990  thành lập Hội đồng các HTX và cơ sở công nghiệp ngoài quốc doanh Hải Phòng có địa chỉ tại số 37 Điện Biên Phủ, Hồng Bàng, Hải Phòng. Đồng thời chỉ định Ban chấp hành lâm thời gồm 11 đồng chí để điều hành hoạt động của Hội đồng.

Đây là quyết định kịp thời, đúng đắn thể hiện sự sáng suốt trong lãnh đạo, chỉ đạo của Thành ủy, UBND thành phố Hải Phòng đối với khu vực kinh tế tập thể thời bấy giờ. Với quyết định này, Hải Phòng là  một trong những địa phương đi đầu trong cả nước khắc phục được tình trạng các HTX không có tổ chức đại diện.

Có thể nói, đây là giai đoạn tiền thân rất quan trọng trong việc xác định chức năng, nhiệm vụ cùng với những hoạt động cụ thể, thiết thực của Liên minh HTX và DN thành phố Hải Phòng nhằm vào mục đích hỗ trợ và đại diện cho các thành viên.

Có thể nói, Hội đồng các hợp tác xã và cơ sở công nghiệp ngoài quốc doanh Hải Phòng là một trong những tổ chức ra đời sớm trong hệ thống của cả nước (Ngày 18/12/1991 Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng có Quyết định số 409-CT Công nhận việc thành lập Hội đồng Trung ương lâm thời các Doanh nghiệp ngoài Quốc doanh).

Từ khi tổ chức tiền thân được thành lập, đến nay, Liên minh HTX và DN thành phố đã trải qua 6 kỳ Đại hội với những tên gọi khác nhau:

Đại hội lần thứ nhất được tổ chức vào tháng 6/1995, Đại hội đã thống nhất  tên gọi của tổ chức là Hội đồng Liên minh các Hợp tác xã và Doanh nghiệp ngoài quốc doanh thành phố Hải Phòng. Đại hội đã bầu 20 đồng chí Ủy viên Ban chấp hành. Đồng chí Nguyễn Phú Thành được bầu  làm Chủ  tịch.

Đại hội lần thứ 2 được tổ chức vào tháng 12/2000, Đại hội đã thông qua Điều lệ và thống nhất đổi tên thành Liên minh các Hợp tác xã và Doanh nghiệp ngoài quốc doanh thành phố Hải Phòng, Đại hội bầu 41 ủy viên Ban chấp hành, bầu đồng chí Đào Kim Ngân làm Chủ tịch Liên minh.

Tháng 5/2006 Đại hội lần thứ 3 được tổ chức, Đại hội đã thống nhất sửa đổi Điều lệ và đổi tên thành Liên minh Hợp tác xã thành phố Hải Phòng; Đại hội đã bầu ra 38 đồng chí Ủy viên Ban chấp hành, bầu đồng chí Phạm Văn Huấn làm Chủ tịch.

Tháng 6/2012, Đại hội lần thứ 4 nhiệm kỳ 2012-2017 đã được tổ chức, Đại hội đã thông qua Điều lệ sửa đổi và thống nhất đổi tên thành Liên minh HTX và DN thành phố Hải Phòng. Đại hội bầu Đ/c Đào Quốc Khánh làm Chủ tịch Liên minh.

Tháng 12 năm 2017, Liên minh HTX và DN thành phố tổ chức Đại hội lần thứ V nhiệm kỳ 2017- 2022. Đại hội giữ nguyên Điều lệ và tên Liên minh HTX và DN thành phố Hải Phòng. Đại hội bầu 35 ủy viên Ban chấp hành, 9 uỷ viên BTV, bầu Đ/c Lương Minh Huệ làm Chủ tịch Liên minh.

Căn cứ Kết luận số 78-KL/TW ngày 10/6/2020 của Ban Bí thư về tổ chức Đại hội Liên minh HTX Việt Nam và cấp tỉnh nhiệm kỳ 2020-2025, Kế hoạch số 416/KH-LMHTXVN ngày 19/6/2020 của Liên minh HTX Việt Nam về tổ chức Đại hội Liên minh HTX Việt Nam và cấp tỉnh nhiệm kỳ 2020 – 2025, Công văn số 105-CV/VPTU ngày 11/11/2020 của Văn phòng Thành ủy về thông báo về ý kiến của Thương trực Thành ủy đối với Đại hội Liên minh HTX và DN thành phố, Công văn số 7411/UBND-DN ngày 23/11/2020 của UBND thành phố về việc tổ chức Đại hội Liên minh HTX và DN thành phố. Ngày 27/11/2020, Liên minh HTX đã tổ chức Đại hội lần thứ VI. Đại hội giữ nguyên Điều lệ và cơ cấu tổ chức Ban Thường vụ, Ban Chấp hành.

Trải qua 6 kỳ Đại hội, Liên minh HTX và Doanh nghiệp thành phố đã không ngừng đổi mới nội dung, phương thức hoạt động, luôn bám sát sự chỉ đạo của Thành ủy, HĐND, UBND thành phố, Liên minh HTX Việt Nam; tập thể Ban Chấp hành, Ban Thường vụ, Thường trực Liên minh luôn đoàn kết kết qua những khó khăn của từng thời kỳ, đã lãnh đạo thực hiện chức năng, nhiệm vụ và cũng đã khẳng định rõ vai trò đại diện, nòng cốt hỗ trợ cho sự phát triển khu vực kinh tế tập thể trên địa bàn thành phố; vị thế của Liên minh HTX và Doanh nghiệp thành phố tiếp tục được khẳng định và nâng cao, thực sự là chỗ dựa tin cậy cho các HTX và doanh nghiệp thành viên trong quá trình phát triển của đơn vị.